Die Filderklinik ist eine gemeinnützige GmbH. Gesellschafter sind die MAHLE-Stiftung gGmbH, der Verein Filderklinik e.V. und der Verein zur Förderung der Filderklinik in Filderstadt e.V.
Geschäftsführer der Filderklinik gGmbH ist Nikolai Keller.
Die Filderklinik wird durch eine Klinikleitung geleitet. Dieser gehören neben Nikolai Keller, der als Geschäftsführer auch Vorsitzender der Klinikleitung ist, Dr. Stefan Hiller als Ärztlicher Direktor, Beatrix Greifeld als Betriebswirtschaftliche Leiterin und Jörg Bitterle als Pflegedienstleitung an.
Die drei Gesellschafter der Filderklinik gGmbH haben jeweils einen besonderen Bezug zu ihr.